Dnes lidé, kteří chtějí dopravit zboží (nebo přemístit lidi), si pravděpodobně uvědomí, že nemá vždy smysl držet se pouze jednoho druhu dopravy. Například náklad může být vyložen z lodi na nákladní automobil, který jej přenese na zábradlí, odkud se bude pohybovat po celé zemi vlakem. Intermodální doprava může být účinnější a levnější; v některých případech však má výrazné nevýhody z hlediska rychlosti a spolehlivosti.
Rychlost
Přestože intermodální doprava nabízí výhody relativně nízkých nákladů ve srovnání s jinými způsoby, získává to obětováním rychlosti; kdykoli se náklad přenáší na poměrně pomalejší dopravní prostředky, například vlaky, které pracují na pevných kolejnicích, které nemusí nabízet přímou trasu jako silnice, kterou používá nákladní automobil, zpomaluje. Aby byla zajištěna nejvyšší efektivita, musí intermodální přeprava také snížit dobu strávenou ve státech v době, kdy dorazí nový dopravce nebo náklad, který má být vyložen.
Nedostatek spolehlivosti
Vzhledem k tomu, že spoléhá na více než jeden způsob tranzitu, je intermodální doprava také vystavena nižší celkové spolehlivosti; jak se rozrůstá řetězec různých režimů, také se zvyšuje možnost jakéhokoli spojení v řetězci. To je obzvláště problematické, pokud je jeden z druhů dopravy železniční; železnice jsou náchylnější ke zpožděním způsobeným špatným počasím nebo poruchou zařízení. Z tohoto důvodu, stejně jako obavy z rychlosti, jsou přepravci, kteří vyžadují spolehlivou a vysokorychlostní dopravu, méně pravděpodobné, že budou zvažovat intermodální systémy.
Poškození
Vždy, když se náklad musejí zamíchat, dopravci riskují možnost poškození, protože náklad se převádí z jednoho způsobu dopravy na druhého. Naštěstí může být toto nebezpečí zmírněno, ale obecně se jedná o přebalování přidáním většího vyztužovacího a ochranného materiálu, než by bylo normálně považováno za dostatečné. Tato přidaná hmotnost a náklady částečně vylučují výhody, které má intermodální doprava z hlediska energetické účinnosti a nákladů.
Vysoké náklady na infrastrukturu
Intermodální nákladní doprava také trpí poměrně vysokými náklady na infrastrukturu. Kontejnerizace snížila náklady a obtíže při přepravě zboží standardizací své formy; dopravci mohou snadno přesunout stejný kontejner z lodi do vlaku na nákladní automobil. Manipulace s těmito kontejnery však vyžaduje, aby dopravci měli těžké jeřáby a vybavení nezbytné k manipulaci s velkými kontejnery; tato infrastruktura nemusí existovat na všech místech, zejména v rozvojových zemích.
