Moderní podniky mají složité struktury. Rozhodnutí vrcholových manažerů a vedoucích pracovníků ovlivňují celkovou výkonnost podniku. Strategická měření výkonu je zaměřena na sledování efektivity struktur organizace.
Organizační struktura
Organizační struktura je vnímána jako hierarchie, pomocí níž skupina, podnikání nebo organizace lidí spolupracují na dosažení souboru cílů a společných cílů. Způsoby interakce mezi těmito hierarchickými strukturami ovlivňují měření účinnosti v této organizaci.
Koordinace funkční jednotky
V organizaci se předpokládá, že funkční jednotky nebo oddělení rozumí jejich roli a jak tyto přispívají k celkovým cílům organizace. Většina funkčních jednotek však vykonává své role způsobem, který odráží pouze jejich specializaci a zaměřuje se na vlastní cíle. Osobní preference a agendy vedoucích pracovníků oddělení ovlivňují výkonnost tohoto oddělení.
Organizační uspořádání
Organizační struktury, které jsou anorganické a méně všestranné, mají tendenci způsobovat špatnou komunikaci v celkové strategii organizace. Nedostatečná komunikace má z velké části vliv na plnění úkolů a cílů a na měření výkonnosti organizace. Otevřené, fluidní organizační struktury mají příkladné měření výkonu. Zaměstnanci ve druhém a třetím stupni mají pochopení cílů, které první funkční jednotky plánují dosáhnout.