Manažerské účetnictví může být účinným nástrojem pro plánování podnikání, strategický rozvoj a vnitřní monitorování. Současně existují potenciální problémy, které mohou vzniknout tím, že se spoléhají výlučně na informace o účetnictví. Spoléhání se pouze na účetní vedení může být nebezpečné a vést podnik špatným směrem. Manažeři si musí být vědomi nevýhod účetního managementu, aby mohli kriticky vyhodnotit poskytnuté informace. Manažeři, kteří tak učiní, budou moci využívat informace o vedení účetnictví ve spojení s dalšími informacemi, aby mohli přijímat kvalifikovaná obchodní rozhodnutí.
Nedostatek standardizace
Finanční účetnictví je vysoce standardizované, přičemž účetní používají pokyny, jako jsou obecně uznávané účetní zásady (GAAP). V přímém kontrastu s tím účetní vedení nemá soubor standardních postupů. Účetní účetní může navrhnout vlastní systémy a metriky pro hodnocení financí organizace. Nevýhodou toho je, že metoda jednoho účetního se může značně lišit od metody jiného. To může mít za následek nesrovnalosti ve způsobu, jakým jsou měřeny finanční referenční hodnoty a hodnocení. To také vyžaduje, aby účetní byli mnohem více znalí a schopni interpretovat účetní systémy vyvinuté jinými.
Nadměrný důraz na kvantitativní informace
Kvantitativní údaje mohou být cenné při přijímání kvalifikovaných obchodních rozhodnutí. Manažerské účetnictví se však zaměřuje výlučně na kvantitativní opatření a ignoruje faktory, které nelze měřit v dolarech a centech. Může se například zdát, že finanční smysl přemístí výrobní zařízení do regionu s nižšími mzdovými náklady. Manažerské účetnictví může vypočítat úsporu mezd a určité zvýšení nákladů, které by mohlo nastat (například náklady na dopravu nebo dovozní cla). Manažerské účetnictví však nemůže ovlivňovat věci, jako jsou úspory spojené s dobrou vůlí členů komunity v regionu, nebo problémy s veřejnými vztahy, které mohou z takového rozhodnutí vyplynout. Manažerské účetnictví je velmi racionální, ale někdy zcela racionální může být nevýhodou.
Subjektivita
Manažerské účetnictví umožňuje velkou subjektivitu při vytváření metriky a metod měření výkonu. To je problematické, protože osobní přesvědčení a předpojatost účetního může mít vliv na způsob, jakým se měří výkon. Například pokud je požadován manažerský účet pro měření produktivity pracovníků, může se zaměřit výhradně na výstupy a nezohledňuje vstupy zaměstnanců, které mohou mít výrazný vliv na celkovou produktivitu. To se týká společnosti i zaměstnanců. Společnost je ovlivněna, protože informace, které používá, nemusí být nejlepší a zaměstnanci mohou být dotčeni, pokud mají pocit, že nejsou hodnoceni spravedlivě.