Typ organizační struktury, kterou společnost zvolí, ovlivní vztahy se zaměstnanci, zákaznický servis a obchodní vztahy. Cílem organické organizační struktury je poskytnout flexibilitu pro změnu, kterou mohou iniciovat zaměstnanci. Plošný organizační model, který omezuje množství hierarchie v organizaci, je založen na myšlenkách, potřebách a zpětné vazbě zaměstnanců nebo pracovníků. Zatímco organická organizační struktura podporuje demokracii na pracovišti, má nevýhody, které je třeba zvážit.
Žádné hranice
Členové organizace definují hranice organické organizační struktury. To znamená, že pravidla, hranice a standardy se mohou stále měnit v závislosti na vlivu členů týmu. To může fungovat dobře v některých organizacích, ale mohlo by vést k chamtivosti a sebeckým motivům namísto podnikové odpovědnosti. Nedostatek hranic může také ovlivnit vztahy se zákazníky, pokud je zákazníkovi dána různá odpověď na tutéž otázku.
Neproduktivní směrnice
Když vedení vede směrnice, mohou se tyto směrnice stát neproduktivní kvůli nedostatku motivace. Například, pokud by byla zavedena organická organizační struktura v místní donucovací agentuře, nebyla by nutnost naléhavého a okamžitého směřování. V této situaci je zapotřebí více autoritativní organizační struktury, kde podřízené okamžitě reagují na příkazy.
Neefektivní vedení
Pokud je síla v rukou zaměstnanců, může to vést k neefektivnímu vedení. Například, pokud jsou zaměstnanci zvyklí ovládat sebe a pak vůdce pokusí se provést změnu, zaměstnanci nemusí reagovat na směr, protože se vnímá jako vedení. Vedení v organické organizační struktuře musí zůstat definováno a aktivně zapojeno do procesu rozhodování a vymáhání politik. Organická organizační struktura může také odstranit horní management z každodenních záležitostí podniku.
Komunikační bariéry
Organická organizační struktura může vytvářet komunikační bariéry mezi odděleními. Vzhledem k tomu, že odbory jsou samosprávné, konflikt se může snadno objevit mezi dvěma odděleními, které nevidí věci stejným způsobem. Další komunikační bariérou je nedostatek definice. Pokud každé oddělení definuje různé zásady odlišně, jedno oddělení nemusí pochopit zprávu, kterou odesílá jiný oddělení.